L’étude porte sur la bactérie responsable de la flavobactériose d’eau froide qui provoque chez les salmonidés une infection pouvant conduire à des mortalités considérables dans les piscicultures. Cet agent pathogène est l'une des causes les plus courantes de maladie bactérienne en production aquacole de truite arc-en-ciel en eau douce. Aucun vaccin commercialisé n'est actuellement disponible et le traitement repose uniquement sur l’antibiothérapie. Les facteurs intervenant dans la survenue des épisodes infectieux sont encore peu compris. Le projet vise à comprendre les mécanismes de pathogénicité de ces bactéries, les caractères de résistance/sensibilité de la truite arc-en-ciel et les interactions hôte-bactérie, et à contribuer au développement de stratégies de contrôle de la maladie. Pour cela, nous utiliserons des modèles d’infection développés précédemment chez la truite arc en ciel et permettant d’étudier la pathogenèse et l’efficacité de méthodes de contrôle. Ces modèles ont été standardisés et peuvent être de ce fait employés avec des effectifs minimisés. Le projet comprend une analyse conjointe de l’impact des paramètres génétiques de l’hôte et de la bactérie sur le développement de la maladie. Les infections expérimentales permettront de caractériser les gènes impliqués dans le pouvoir pathogène des bactéries (facteurs de virulence) grâce à l’obtention de critères d’appréciation quantitative de la pathogenèse (signes cliniques, cinétique de colonisation et de survie de l’hôte) pour des souches bactériennes génétiquement différentes. Nous rechercherons des paramètres précoces pouvant être utilisés en alternative à la mortalité pour l’analyse de la pathogenèse et des paramètres prédictifs du caractère de résistance de l’hôte. Enfin, les infections expérimentales permettront d’évaluer rigoureusement l’effet de différents paramètres sur la résistance des animaux à l’infection, qu’ils soient génétiques ou environnementaux (régime alimentaire, vaccination, immunostimulants, conditions physico-chimiques d’élevage).

Les infections expérimentales réalisées par injection sont réalisées sous anesthésie et une seule injection par poisson en moins de 15 secondes sur 8040 poissons. Les prélèvements sanguins se déroule au moins d'une minute sur un même individu sont espacés d’au moins 3 jours sur une période n’excédant pas 1 mois. Ces prélèvements seront réalisés sur 180 poissons.

Il n’existe pas de modèles cellulaires permettant d’étudier les facteurs de virulence de l’agent pathogène responsable de la flavobactériose. La quantification de la virulence, la caractérisation de la résistance de l’hôte, la compréhension des interactions hôte-bactérie et l’évaluation de l’efficacité de stratégie de contrôle nécessitent de reproduire la maladie chez l’animal. Ainsi, le projet que nous menons chez la truite arc-en-ciel ne peut être réalisé avec des méthodes alternatives. D’autre part, seul un animal ayant un système immunitaire adaptatif permet d’évaluer l’efficacité d’un vaccin lors d’une épreuve d’infection expérimentale en quantifiant la protection apportée.