Voor wetenschappelijk onderzoek worden vaak muis- of ratmodellen gebruikt waarin een bepaald gen of eiwit in een dier ontbreekt of veranderd is. Deze aanvraag heeft tot doel om dieren te fokken die een wijziging in het DNA hebben dat een risico geeft op ongerief. Een genetische verandering kan leiden tot belastende afwijkingen in het dier. Voor het fokken van deze dieren is daarom een vergunning nodig. Het uiteindelijke doel van deze gefokte dieren is dat ze gebruikt worden voor wetenschappelijk onderzoek. Deze experimenten worden echter in andere vergunningen onderbouwd en maken geen deel uit van deze aanvraag. Er worden binnen deze aanvraag dieren gefokt die uiteindelijk gebruikt zullen worden voor wetenschappelijk onderzoek maar ook om een ‘lijn’ van dieren met een genetische verandering aan te houden. Vaak heeft het veel moeite gekost om de juiste genetische verandering in een muis of rat . Er wordt gefokt om dieren met de juiste genetische afwijking te hebben om te kunnen gebruiken in experimenten. Deze aanvraag heeft betrekking op zowel de ouderdieren als op de nakomelingen. Zolang de nakomelingen nog niet gebruikt kunnen worden in een proef (of gedood worden) vallen ze onder deze aanvraag. Een derde doel van deze vergunning is om te kunnen controleren of de gefokte dieren met een genetische wijziging te kunnen bepalen of ze de juiste genetische wijziging hebben. Dit is nodig om de juiste dieren te gebruiken voor een fok of om de juiste dieren te kunnen selecteren voor een experiment.

Dieren die gefokt worden, ondergaan vrijwel geen procedures. Dierkoppels produceren maximaal 6 nestjes. Ze worden goed in de gaten gehouden om eventuele symptomen door de genetische wijziging te kunnen volgen. Ze worden indien nodig gewogen. Het kan voorkomen dat er een stukje oor of een beetje bloed afgenomen wordt om de aanwezigheid van de genetische verandering te kunnen controleren. De gevolgen van een genetische wijziging kunnen leiden tot o.a. spontane tumorvorming in huid of darmen, verminderde activiteit (bij hartafwijkingen), achtergebleven groei, kronkel in de staart, bochel, tekort aan leverenzymen of een verstoorde afweer. Het is belangrijk om op te merken dat bij de meeste lijnen het ongerief sterk verminderd kan worden door bijvoorbeeld te fokken met ouderdieren die alleen drager zijn van het ‘verkeerde’ gen of door jonge dieren in experimenten te gebruiken als de symptomen pas op latere leeftijd ontwikkelen. Voor veel lijnen geldt bovendien dat er een verhoogde gevoeligheid is, en dat alle dieren risico lopen op het ontwikkelen van ongerief, maar een klein percentage van de dieren daadwerkelijk negatieve gevolgen ondervindt van de genetische wijziging.

Er worden steeds meer alternatieve, proefdiervrije modellen ontwikkeld om genen of eiwitten te bestuderen zoals mini-orgaantjes in een kweekschaal of zelfs op een chip. Echter kennen deze proefdiervrije modellen nog tekortkomingen in het nabootsen van de interactie tussen verschillende organen, de bloedsomloop en het afweersysteem. Deze modellen geven daarom nog geen goed beeld van wat er in een lichaam gebeurt. Er zijn daardoor nog steeds diermodellen nodig. Onderzoek met de diermodellen wordt in aparte vergunningen getoetst en vergund. Om dit onderzoek mogelijk te maken moeten er dieren gefokt worden voor deze proeven (deze vergunning). Een gevolg hiervan is dat er ook dieren gefokt worden om een genetische lijn in stand te houden.